L'invasione longobarda, con Alboino nel 568 vide la città, unica in Italia, costretta a un lungo e massacrante assedio,  terminato con la capitolazione dopo tre anni.
Compresa l'importanza strategica, i Longobardi non solo risparmiarono  la città ma ne fecero la capitale del regno. Da questo momento Pavia inizia la sua ascesa storica dapprima con le  mura, poi con scuole e palazzi con i re Clefi, Autari, Agilulfo e Rotari (suo l'editto del 643), e infine con Ariperto la  costruzione delle numerose e celebri basiliche cattoliche dal momento che era iniziata la conversione dalla religione  ariana.  
L'opera venne continuata con la fondazione di importanti chiese come S. Maria delle Pertiche, S. Giovanni in Borgo, e S. Michele, che divenne sede delle incoronazioni reali.
Di molte ormai non esistono che i resti o addirittura  non è stato possibile localizzarne l'ubicazione. A Liutprando si deve S. Pietro in Ciel d'Oro e la traslazione,  provenienti dalla Sardegna, delle spoglie di S. Agostino, e nella quale riposano le stesse di Liutprando e Severino  Boezio: triade gloriosa che nel XV secolo destò l'ammirazione del Petrarca.